Die dritte Staffel folgt dem Schicksal einer unerfahrenen U-Boot-Besatzung, die auf eine gefährliche Mission geschickt wird, dabei in die Atlantikschlacht und ins Visier eines besessenen Royal Navy Commanders (Ray Stevenson) gerät. Unter der Leitung von Robert Ehrenberg (Franz Dinda) bilden sich innerhalb der Crew starke persönliche Bündnisse.
Und doch sind Ehrenbergs Gedanken immer auch in Kiel, wo er Gefühle für Greta (Elisa Schlott) entwickelt hat. Die junge Mutter ist mit einem schwer verletzten und an einer Kriegsneurose leidenden Mann verheiratet.
Im neutralen Lissabon, wo Exilanten, Spione und Kriminelle aufeinandertreffen, deckt Hagen Forster (Tom Wlaschiha) währenddessen ein tödliches Komplott um den Diebstahl von geplündertem Kriegsgold auf. Seine Ermittlungen führen ihn auch zu einem Mann, der in eine Verschwörung verwickelt ist, die den Verlauf des Krieges zum Besseren verändern könnte: Klaus Hoffmann (Rick Okon).