An 1000, Aix-la-Chapelle. Othon III, roi de Germanie, pénètre dans le tombeau de Charlemagne. Il découvre un étrange manuscrit, couvert de symboles inconnus.

1935, Allemagne. Himmler crée un groupe d'archéologues et d'ésotéristes chargés de retracer les origines de la race allemande. Dans la sépulture d'un proche de Charlemagne, ils découvrent un manuscrit portant les mêmes mystérieux symboles.

2008. Afin d'élucider la mort de son père, Cotton Malone va devoir déchiffrer les énigmes entourant ces deux manuscrits. Du coeur de l'Allemagne aux glaces de l'Antarctique, il se lance dans une enquête à travers l'histoire et les civilisations.