Bioinformatik

Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Möglichkeiten der Sequenzanalyse ein.

Das Buch beginnt mit einer Einführung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschließend werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gängigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). Multiple Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Bäume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erläuterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gängigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im Internet oder freie Software angegeben.

Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen müssen.

Stark praxisorientiert Gut verständlich geschrieben Aktualisierte und ergänzte Neuauflage

Klappentext

Wie berechnet man multiple Alignments? Wie nutzt man eine Datenbank, um die mühsam im Labor ermittelten Sequenzen effektiv zu analysieren? Und welche Datenbank ist überhaupt am besten geeignet? Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Geheimnisse der Bioinformatik ein, ohne dass man als Naturwissenschaftler gleich Informatik im Nebenfach belegt haben muss. Schwerpunkt des Buches sind die Grundlagen und verschiedenen Möglichkeiten der Sequenzanalyse.

Das Buch beginnt mit einer Einführung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschließend werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gängigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). Multiple Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Bäume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erläuterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gängigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im Internet oder freie Software angegeben. Der Leser wird so in die Lage versetzt, die beschriebenen Methoden selbstständig nachzuvollziehen.

Die Autorin selbst ist Molekularbiologin und in der Bioinformatik-Branche tätig. Als ehemalige Betreuerin eines Bioinformatik-Kurses weiss sie aus eigener Erfahrung, auf welche Informationen es ankommt, um schnell und zielorientiert zu den gewünschten Ergebnissen zu gelangen. Das Buch richtet sich in erster Linie an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik. Angesprochen sind vor allem Studenten und Forscher aus allen Gebieten der Naturwissenschaften, die sich in Studium oder Beruf mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen müssen. Gleichzeitig ist dieses Buch auch ein Leitfaden für all diejenigen, die die aufgeführten Methoden zwar regelmässig benutzen, aber noch nie die Zeit gefunden haben, sich mit den Grundlagen auseinanderzusetzen.

Inhalt
1 Einstieg in die Sequenzanalyse.- 2 Primäre Datenbanken.- 2.1 Genbank.- 2.2 EMBL.- 2.3 DDBJ.- 2.4 Nicht-redundante primäre Datenbanken.- 3 Einfache Alignments.- 3.1 Substitutionsmatrizen.- 3.2 Dotplot.- 3.3 Das globale Alignment.- 3.4 Das lokale Alignment.- 4 Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich.- 4.1 FASTA.- 4.2 BLAST.- 5 Multiple Alignments.- 5.1 Globale multiple Alignments.- 5.2 Lokale multiple Alignments.- 5.3 Darstellung des multiplen Alignments.- 6 Phylogenetische Analysen.- 6.1 Topologie phylogenetischer Bäume.- 6.2 Methoden zur Berechnung.- 7 Abgeleitete Datenbanken.- 7.1 Motiv-Datenbanken.- 7.2 Datenbanken für Stoffwechselwege.- 7.3 Vorhersage-Datenbanken.- A Glossar.- B Weblinks.