Auf die Insel, auf der die Yoshis leben, fällt eines Tages plötzlich eine sprechende Enzyklopädie namens Enzo vom Himmel! Auf seinen Buchseiten gibt es allerhand eigentümliche Lebewesen zu entdecken. Um mehr über sie zu erfahren, taucht Yoshi in Enzos Seiten ein...

Bei seinen Erkundungen kann Yoshi die Kreaturen essen, auf sie springen oder sie sogar Huckepack nehmen. Unter Einsatz seiner Fähigkeiten erforscht Yoshi alle möglichen Eigenarten der Kreaturen, die sich auf Enzos Seiten tummeln. Manche lassen Blumen erblühen, andere erzeugen Blasen - und mit jeder neuen Entdeckung öffnen sich Wege zu neuen Gebieten, in denen es noch viel mehr zu entdecken gibt!