Der gläubige Familienvater Kurt Gerstein (Ulrich Tukur) ist als Leiter der Desinfektionsabteilung beim Hygiene-Institut der Waffen SS für die Versorgung der Konzentrationslager mit dem Gas Zyklon B verantwortlich. Als er auf einer seiner Dienstreisen nach Polen in einem Lager Augenzeuge des Genozids wird, wird ihm klar, dass es nicht wie der Großteil der deutschen Bevölkerung wegsehen kann. In der Überzeugung, ein "Aufstand der Aufrechten" könnte die Judenvernichtung stoppen - schon längst rattern Viehwaggons mit ihrer menschlichen Fracht unerbittlich gen Osten - kontaktiert er hochrangige Personen der evangelischen Kirche und Vertreter anderer Staaten, um die Welt aufmerksam zu machen.

Doch seine couragierten Versuche, die Gräuel der Nazis publik zu machen, stoßen auf eine Mauer der Ignoranz, auf Grund seiner SS-Mitgliedschaft werden seine Berichte nicht ernst genommen. Denn was für alle anderen unbegreiflich und unvereinbar scheint: Für Gerstein ist seine Funktion als Offizier der Waffen-SS eine Möglichkeit, als Teil der Mordapparates die unfassbaren Gräueltaten der Nazis zu bezeugen und darauf aufmerksam zu machen.

Gerstein beschließt, den Papst als höchste moralische Instanz über die Judenvernichtung durch die Deutschen zu informieren. Er findet Unterstützung beim Jesuitenpater Ricardo Fontana (Mathieu Kassovitz), der als Sohn eines hochrangigen und einflussreichen Laien im Vatikan eine Audienz bei Papst Pius XII. (Marcel Iures) zu arrangieren versucht. Zwar lässt Fontana nichts unversucht, doch der Papst weigert sich, den Massenmord vor der Weltöffentlichkeit anzusprechen. Denn der Vatikan verfolgt seine eigenen Ziele, darüber hinaus fühlt er sich trotz des Gebots der Nächstenliebe nicht für die Juden Europas zuständig. Selbst als die jüdische Bevölkerung Roms vor den Augen Pius XII. deportiert werden, greift der Papst nicht ein.

Als letzte Konsequenz heftet sich Fontana den Judenstern an die Soutane und findet im Konzentrationslager den Tod. Gerstein stellt sich zum Ende des Krieges den Franzosen und verfasst einen detaillierten Bericht der Verbrechen in Treblinka und Belzec. Er wird der Verbrechen gegen die Menschlichkeit, des Mordes und der Beihilfe zum Mord angeklagt und erhängt sich schließlich in seiner Gefängniszelle. Einem weiteren hochrangigen Mitglied der Waffen-SS, mit dem Gerstein zusammenarbeitete, gelingt es mit Hilfe eines Kirchenvertreters, nach Südamerika zu fliehen und so dem Prozess durch die Alliierten zu entgehen.

Basierend auf einer wahren Begebenheit - Ein umstrittenes Kapitel Kirchengeschichte.