Staffel 1:
Nachdem Kei in einen schweren Verkehrsunfall verwickelt wurde, kann er sein bisheriges Leben abschreiben. Denn als er unversehrt aus einer Blutlache unter dem Lastwagen hervorkriecht, steht eins fest: Er gehört zu den Ajin, einer menschenähnlichen Spezies, die unsterblich ist. Aus diesem Grund gelten Ajin als perfekte Kampfmaschinen und die Regierung hat großes Interesse an ihnen. Um den grauenvollen Experimenten der Staatsgewalt zu entkommen, bleibt Kei nur die Flucht. Die einzige Person, die ihm dabei zu Hilfe kommt, ist sein Sandkastenfreund Kaito. Als die beiden sich auf dem Motorrad davonmachen, werden sie von zwei Kriminellen überfallen. Sie sind hinter dem Kopfgeld her, das mittlerweile auf Kei ausgesetzt ist. Doch dann versucht einer der Männer aus Neugierde, Kei zu töten, wodurch das erscheint, was einen Ajin ausmacht: der "schwarze Geist" ...

Staffel 2:
Der skrupellose Ajin Sato geht zum "zweiten Schlag" über: 15 Vertreter von Organisationen, die gegen die Ajin sind, werden nach und nach sterben, sollte die Regierung nicht auf seine Forderungen eingehen. Unterdessen kommen Kei und Ko zu dem Entschluss, dass sie starke Unterstützung benötigen werden, wenn sie Sato besiegen wollen. Sie nehmen daher Kontakt zu Yu Tosaki auf und können ihn überzeugen, sich mit ihnen zu verbünden. Doch bevor sie loslegen, müssen die beiden Ajin ein Training absolvieren, um sich sowohl physisch als auch mental zu stärken. Die wichtigste Aufgabe erwartet Kei: Er muss lernen, seinen mächtigen schwarzen Geist unter Kontrolle zu bringen, wobei seine psychische Verfassung eine große Rolle spielt. Während Tosakis Plan in den letzten Vorbereitungen steckt, wird dieser plötzlich entführt ...