Anatema beruht auf einer wahren Begebenheit und handelt von dem verzweifelten Kampf der Journalistin Emma Berisha um ihre Tochter.
Emma arbeitet als Journalistin im Kosovo, zusammen mit zwei amerikanischen Kollegen. Als die serbischen Truppen einmarschieren, flieht sie nicht mit den Amerikanern, sondern bleibt bei ihrem Verlobten Edi. Die Bevölkerung wird gnadenlos verfolgt. Emma und Edi versuchen zu fliehen, doch Emma wird von serbischen Soldaten vergewaltigt und mit anderen Frauen verschleppt, Edi in ein serbisches Gefängnis gebracht. Nach dem Krieg kehrt Emma in ihre zerstörte Heimat zurück und bringt Ana zur Welt. Allein, auf sich gestellt mit einem Kind, das viele verabscheuen, und ohne Geld gibt sie ihre Tochter vorübergehend in ein Waisenhaus. Das wird jedoch bald geschlossen und Emma muss ihr Leben riskieren, um ihre Tochter wieder zu finden...