Nach einer wohlverdienten Pause kehren die forensische Anthropologin Dr. Temperance "Bones" Brennan (Emily Deschanel) und FBI-Spezialagent Seeley Booth (David Boreanaz) ins Jeffersonian-Institut zurück. Zusammen mit den "Blinzlern", ihrem unverzichtbaren Team von Ermittlern, erleben sie eine weitere Staffel voll schwarzen Humors, Mord und Mystery, Reibereien und Romanzen.

Neben einer Vielzahl von privaten Krisen - von Angelas geheimer Schwangerschaft bis hin zu Booths neuer Freundin - muss sich das Team mit einer Menge komplizierter Fälle auseinandersetzen. Unter anderem geht es um ein mörderisches Chupacabra, den finalen Auftritt des Totengräbers sowie einen Heckenschützen mit einer tödlichen Verbindung zu Booths Vergangenheit.