In einer nahen Zukunft erscheint auf den Weltmeeren die mysteriöse "Nebelflotte", eine Fraktion denkender Hochsee-Kriegsschiffe und U-Boote und erklärt aus unbekannten Gründen der Menschheit den Krieg. Viele der Schiffe haben eine eigene Persönlichkeit, sogenannte "Mental Models", welche als weibliche Avatare ihrer Schiffe körperliche Form annehmen können. Aufgrund der überlegenen Technologie des "Nebels" ist es jedoch ein sehr unausgeglichener Kampf und die Menschheit muss sich mehr und mehr zurückziehen. Siebzehn Jahre später erweckt der Marineoffizierskadett Chihaya Gunzö das Nebelflotten-U-Boot "I-401" und das Mental Model "Iona" erscheint. Sie hat den überraschenden Auftrag, Gunzös Befehlen Folge zu leisten. Iona, Gunzö und seine Söldner-Crew, die "Blue Steel", nehmen gemeinsam den Kampf gegen den "Nebel" auf.

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