Mit Orochimaru geht es zu Ende, deshalb will er sobald wie möglich Sasukes Körper übernehmen. Sasuke allerdings glaubt, dass er mittlerweile auch ohne Hilfe seinen Bruder Itachi zur Strecke bringen kann, deshalb kommt er Orochimaru zuvor und absorbiert dessen Kräfte. Sein Ziel ist es nun, ein Team aus Ninjas zusammenzustellen, um seine todbringende Mission zu erfüllen. Es kommt zu einem erbitterten Kampf zwischen den beiden Brüdern. Später erfährt Sasuke die Geschichte des Uchiha-Clans von Tobi und erfährt auch die wahren Intentionen Itachis. Er schließt sich daraufhin Akatsuki an und begibt sich auf die Jagd nach dem Achtschwänzigen.

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