Die Ninjas sind Meister der Kampfkunst und leben zurückgezogen in einem Dorf mitten im Wald. Als die Ninjas der Iga, einer besonders ehrenvollen Gemeinschaft, eines Tages einen riesigen Feuerball am Himmel sehen, vermuten sie einen feindlichen Angriff. Yamata, Jinnai und Nezumi werden vom Großmeister der Ninjas ausgesandt, um den mysteriösen Vorfall aufzuklären. Auf ihrer Mission schließen sie sich einer anderen Gruppe aus ihrem Dorf an, die von der bezaubernden Ninjakämpferin Rin geführt wird. Gemeinsam müssen sie sich der unbekannten Gefahr stellen.
Furchtbare Kreaturen - die Aliens - sind auf die Erde gekommen. Doch die Ninjas müssen feststellen, dass sie mit ihrer Kampfkunst wenig ausrichten können. Die Aliens warten mit unglaublichen Tricks, ungeahnter Stärke und Schnelligkeit auf. Ein erbitterter Kampf entbrennt. Der große Iga-Ninja Yamata stellt sich der Herausforderung im finalen Kampf gegen die Aliens - Alien vs Ninja!