Der sechzehnjährige Schüler Yugi Muto hat ein altägyptisches Puzzle erhalten, das bisher noch niemand lösen konnte. Als ihm dies nach Jahren endlich gelingt, befreit er damit den Geist eines uralten Pharaos, der im Puzzle eingeschlossen war und sein Gedächtnis verloren hat. Fortan teilen sich die Beiden Yugis Körper und versuchen gemeinsam, die verlorenen Erinnerungen zurückzuholen.
Schon bald finden sie heraus, dass das "Millenniumspuzzle" eine geheimnisvolle Kraft besitzt und zusammen mit sechs weiteren Millenniumsgegenständen imstande ist, die Welt zu vernichten. Mit der Unterstützung seiner Freunde stellen sich Yugi und der Pharao den bösen Mächten, die hinter dem Puzzle her sind.