Nachdem sie von der menschlichen Welt abgeschirmt wurden, machen sich die Turtles mit ihrem Lehrmeister Splinter auf, um die Herzen der New Yorker zu erobern und durch ihre heldenhaften Taten endlich als normale Teenager akzeptiert zu werden. Ihre neue Freundin April ONeil hilft ihnen dabei, ein berüchtigtes Verbrechersyndikat zu bekämpfen. Doch schon bald geraten sie in Schwierigkeiten, als eine Armee von Mutanten auf sie losgelassen wird ...

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