Jacob Portman est de retour chez lui, en Floride, là où tout a commencé. Et cette fois, Miss Peregrine et les enfants particuliers sont à ses côtés. Jacob est chargé de leur donner des cours de normalité, mais la découverte d'un mystérieux bunker dans la maison de son grand-père va tout changer. Persuadé qu'Abe lui a laissé des indices pour sauver des enfants particuliers isolés, Jacob entraîne ses amis sur les routes. C'est le début d'un jeu de piste dangereux, à travers un long périple dans l'Amérique d'aujourd'hui, territoire étrange, aux espaces parallèles peuplés de créatures d'un autre temps.