3 septembre 1940. Dix enfants particuliers sont pourchassés par une armée de monstres. Seule Miss Peregrine pourrait les aider, mais, changée en oiseau, elle est prisonnière de son état. Les enfants n'ont plus qu'un espoir : trouver une Ombrune capable de lui rendre sa forme humaine. Réfugiés dans une boucle temporelle, ils découvrent une ménagerie d'animaux singuliers. Parmi eux, Addison, un chien parlant, leur apprend que la dernière Ombrune en liberté est partie libérer ses soeurs à Londres. Il devient urgent pour les enfants particuliers de rejoindre la capitale...