Hellboy est mystérieusement apparu au cours de la Seconde Guerre mondiale lorsqu'il fut invoqué par Raspoutine, qui oeuvrait alors aux côtés des nazis. En 1994, il affronte celui qui l'a amené sur Terre, faisant également face aux premiers signes du « Fléau des grenouilles ».

Recueilli et élevé par le professeur Trevor Bruttenholm, Hellboy va parvenir à échapper à son destin supposé de héraut de la fin du monde, en rejoignant le B.P.R.D. (Le Bureau de recherche et de défense du paranormal), en combattant aux côtés d'Abe Sapien, Liz Sherman ou encore Roger l'Homoncule.

C'est au cours de ces années qu'il va se forger en tant qu'Homme, plus qu'en tant que démon, lors de nombreuses aventures...