Depuis sa découverte au tout début de ce siècle, le Puzzle du Millénium n'a jamais pu être complété. Mais quand Yûgi, un adolescent victime de brimades, le résout, une autre personnalité apparaît en lui, et le garçon devient un maître du jeu.

Les « jeux des ténèbres », qui jugent le mal disséminé dans notre monde, commencent maintenant !