La Réforme protestante vient de s'introduire en France, lorsque François Ier déclare que la profession d'une foi différente de celle du roi équivaut à un « crime de lèse-majesté divine et humaine », et que, de fait, les huguenots sont par essence de mauvais sujets. Cette assimilation entre hérésie et sédition fait entrer la Réforme française dans l'histoire politique du royaume.

Afin de garantir leur survie, les réformés français entreprennent de démontrer qu'il est possible de conjuguer adhésion au calvinisme et fidélité absolue à un monarque catholique. Ils engagent ainsi un combat qui s'exprime sur le plan théorique, avec la formulation d'une pensée politique originale, mais aussi sur le terrain militaire, au cours des guerres de Religion puis à l'occasion des guerres de Rohan. Nantis d'une puissance considérable grâce à la conversion d'une part importante de l'élite nobiliaire du royaume et au soutien des princes protestants étrangers, ils parviennent à s'organiser en un véritable parti, dont les figures de proue sont les princes du sang de la maison de Bourbon, Louis et Henri de Condé, mais aussi Henri de Navarre, par la suite roi de France sous le nom d'Henri IV.

Accusés à tort par leurs détracteurs de vouloir créer un État dans l'État, ils mettent sur pied une organisation politique et militaire qui leur permet de résister et d'obtenir une reconnaissance légale par l'octroi de l'édit de Nantes, avant de voir leurs positions s'étioler sous les coups de boutoir de Richelieu puis de Louis XIV.

En retraçant l'histoire politique d'une minorité vulnérable qui sut s'imposer pendant plus d'un siècle comme un acteur majeur des destinées du royaume de France, cet ouvrage fondé sur une ample documentation originale révèle pour la première fois une dimension encore trop méconnue du protestantisme français.