Zwei Jahre sind vergangen, seit Rot und seine Freunde Team Rocket im Hochhaus der Silph Co. besiegt haben. Als Rot von einem Mitglied der Top Vier, Bruno, eine Herausforderung zu einem Duell erhält, bricht er voller Elan auf ... doch seine Spur verliert sich bald, und nur das gebeutelte Pika kehrt zurück. Zusammen mit Pika begibt sich nun Gelb auf die Suche nach Rot - und es dauert nicht lange, bis die Top Vier in Erscheinungen treten ...