Paris 1870: Die Pariser Oper wird von einem unheimlichen Geist terrorisiert, der versucht, Einfluss auf die musikalische Leitung zu nehmen. Als die Direktoren seine Forderungen nicht erfüllen, droht das Phantom, alle Inszenierungen zu sabotieren. Auch der Star des Hauses, die temperamentvolle Operndiva La Carlotta (MINNIE DRIVER) muss erkennen, dass jedem ein Unglück geschieht, der sich dem Willen des Phantoms widersetzt. Mit einer Ausnahme: Die Liebe und Fürsorge des Phantoms gilt dem unschuldigen Chormädchen Christine (EMMY ROSSUM), das nach dem Tod ihres Vaters in der Oper ein neues Zuhause gefunden hat. Tief und geheimnisvoll ruft seine Stimme nach ihr und fördert ihr außerordentliches Gesangstalent, ohne sich ihr jedoch jemals zu offenbaren. Nur die Leiterin des Ballett Ensembles, Madame Giry (MIRANDA RICHARDSON) weiß, dass es sich bei Christines mysteriösem "Engel der Musik" in Wirklichkeit um ein musikalisches Genie handelt, das sich in den Katakomben des Opernhauses versteckt hält und dessen Gesicht von einer schrecklichen Missbildung entstellt ist.

Während der Generalprobe zur neuesten Inszenierung des Opernhauses verlässt La Carlotta wütend die Bühne und weigert sich, am ausverkauften Premierenabend aufzutreten. Die ratlosen Direktoren der Oper (SIMON CALLOW und CIARAN HINDS) haben keine andere Wahl, als die Hauptrolle mit Christine zu besetzen. Christines Gesang verzaubert sowohl das Publikum als auch das Phantom, das nun wild entschlossen ist, sie zum neuen Star der Oper zu machen. Doch mit seinen Gefühlen für Christine ist es nicht allein. Schon bald wird Christine vom reichen Mäzen des Opernhauses umworben, dem jungen Grafen Raoul de Chagny (PATRICK WILSON).

Obwohl Christine im Bann ihres charismatischen Lehrers steht, kann sie sich ihrer Gefühle für den attraktiven Raoul nicht entziehen und versetzt damit das Phantom in rasende Eifersucht. Schließlich treiben Leidenschaft und Besessenheit die Liebenden soweit, dass es kein Zurück mehr gibt...